Die Arbeit anderer Wissenschaftler kann untergraben werden, wenn sich das Objekt hinter einem DOI-Namen verändert und die Wissenschaftler den DOI-Namen zitieren. In besonderen Fällen kann ein Objekt von einer Einrichtung dennoch gelöscht werden. Dies ist möglich, wenn es ein Lizenz-Problem mit dem Objekt gibt oder wenn es unbeabsichtigt als Duplikat veröffentlicht wurde:

• Eine Neue DOI registrieren und Metadaten aktualisieren
  Sie laden eine neue Version des Metadatensatzes hoch und registrieren dazu eine neue DOI. Innerhalb der neuen DOI-Metadaten stellen Sie eine Verbindung über das Feld "related Identifier" und dem dazugehörigen Feld "relationType" zwischen dem alten und dem neuen Datensatz her. Nutzen Sie dazu den Wert "IsNewVersionOf". Es empfiehlt sich für jede Änderung innerhalb eines Objektes eine neue DOI zu registrieren und innerhalb der Metadaten auf den neuen DOI zu verweisen.
• Das digitale Objekt muss gelöscht werden
  Wenn ein Objekt gelöscht werden muss, dann lenken Sie den DOI auf eine neue Zielseite um. Diese neue Zielseite nennt sich „Tombstone Page“ und hat das Ziel den Besucher darüber aufzuklären, dass (und warum) das Objekt hinter dem DOI gelöscht wurde. Bestenfalls enthält die Tombstone Page auch Ansprechpartner, der nähere Informationen dazu geben kann.